病気の母と暮らし、帰らない父を待つ少年ジョバンニ。星祭りの夜、丘の上で一人空を見上げていたジョバンニのもとへ列車が到着する。気が付くと親友カムパネルラと一緒に、漆黒の宇宙を走る銀河鉄道に乗り込んでいた。